Der neue Gottesacker wurde 1557 erworben. Die sich dort befindende Kirche brach man 1644 im Dreißigjährigen Krieg ab, um den von Werben her vorrückenden schwedischen Truppen keinen Stützpunkt vor den Mauern Pegaus zu bieten. Die heutige Johanniskirche wurde an Stelle dieser Kirche 1676 errichtet. Ihr Innenraum ist schlicht. Auf der Empore an der Westseite wurde 1849 vom Bornaer Orgelbauer Urban Kreutzbach eine kleine Orgel eingebaut.
Im Zentrum des Chorraumes befindet sich der Altar mit einer plastischen Darstellung des Abendmahles – ein Werk von Jacob Findeisen aus dem Jahre 1699. 1705 stiftete ein unbekannter Leipziger eine Glocke. Die heutige Glocke stiftete 1939 die Pegauer Kaufmannswitwe Hedwig Huhn der Kirche. Sie trägt die Inschrift: „Den Toten läute ich Frieden und Ruh, Menschen kommen und gehen, – Gott bleibt bestehen. – Frau Hedwig Huhn geb. Vollhardt stiftete diese Glocke aus Liebe zu ihrer Heimat im Jahr des Herrn 1939.“
In den Befreiungskriegen wurde die Kirche wiederholt als Lazarett genutzt und 1813 notdürftig repariert. Die letzte Restaurierung erfolgte in den Jahren 2012-2015
Ursprünglich wurden in der Gottesackerkirche die Montagsgottesdienste gefeiert und bei schlechtem Wetter die Trauerfeiern. Heute nutzt die Gemeinde die Friedhofskirche hauptsächlich für Trauerfeiern. Auch die Andachten zum Johannistag (24.6.) und der Gottesdienst am Ewigkeitssonntag finden hier statt.
Ev.-Luth. Kirchgemeinde Pegau 